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Lungo RNA non codificante, lncRNA è un RNA non codificante con una lunghezza maggiore di 200 nucleotidi, generalmente tra 200-100000 nt.LncRNA regola l'espressione genica a livello epigenetico, trascrizionale e post-trascrizionale e partecipa al silenziamento del cromosoma X, all'imprinting del genoma e alla modifica della cromatina, all'attivazione della trascrizione, all'interferenza della trascrizione, al trasporto nucleare, alla regolazione del ciclo cellulare, alla regolazione della differenziazione cellulare e agli effetti di compensazione della dose (effetto di compensazione del dosaggio) e molti altri importanti processi di regolazione sono strettamente correlati all'insorgenza, allo sviluppo e alla prevenzione delle malattie umane e sono attualmente uno dei punti caldi nel campo della biomedicina.

01  Tipi e caratteristiche di LncRNA

lncRNA è diviso in molti tipi in base alle diverse fonti della sua formazione, come mostrato nella figura sopra.Presenta le seguenti caratteristiche:

1. Gli lncRNA sono generalmente più lunghi, con espressione dinamica e diversi metodi di splicing durante la differenziazione
2. Rispetto ai geni codificanti, lncRNA di solito ha un livello di espressione inferiore
3. La maggior parte degli lncRNA ha un'ovvia specificità di espressione temporale e spaziale nel processo di differenziazione e sviluppo dei tessuti
4. Ci sono espressioni caratteristiche nei tumori e in altre malattie
5. Le posizioni subcellulari dell'lncRNA sono diverse
6. La sequenza è a bassa conservazione, ma la funzione ha un certo grado di conservazione, ecc.

02 Domande frequenti sulla trascrizione inversa di LncRNA

A causa del basso contenuto di lncRNA nelle cellule, della lunga lunghezza e della struttura di alto livello, tale RNA ha spesso strutture complesse come anse staminali o forcine per capelli e RT-qPCR è soggetto a problemi di trascrizione inversa non riuscita o bassa efficienza.

03 Soluzione di trascrizione inversa di LncRNA

Nella regola centrale, il processo dei virus a RNA che utilizzano la propria trascrittasi inversa per sintetizzare il DNA utilizzando l'RNA come modello è chiamato trascrizione inversa.Il processo di utilizzo della trascrittasi inversa del virus RNA per sintetizzare il modello di cDNA in vitro è chiamato trascrizione inversa.Gli elementi principali inclusi nel sistema di trascrizione inversa: modello di RNA, trascrittasi inversa, primer e altri componenti.

Modello 1.RNA

L'influenza del modello di RNA sulla trascrizione inversa si riflette nella sua struttura, purezza e integrità.Maggiore è la purezza e l'integrità dell'RNA estratto, maggiore è l'efficienza della trascrizione inversa e più accurati saranno i successivi risultati quantitativi.L'RNA purificato dai reagenti di estrazione dell'RNA comunemente usati spesso contiene residui di alcol e sali di guanidina, che hanno un forte effetto inibitorio sulla maggior parte della trascrittasi inversa.

2. Trascrittasi inversa

La trascrittasi inversa ha un'influenza chiave nell'intero sistema di trascrizione inversa.La temperatura adatta per la trascrittasi inversa utilizzata nella maggior parte dei laboratori è generalmente di 42°C.Infatti, l'apertura della struttura dell'RNA di alto livello richiede una temperatura più elevata e i requisiti per la trascrittasi inversa sono più elevati.

3.Primer

I primer di trascrizione inversa includono primer gene-specifici, primer casuali e primer Oligo dT.La maggior parte degli lncRNA non contiene code di poliA ed è importante abbinare correttamente i primer casuali con Oligo dT.

4. Altri componenti

In considerazione del fatto che l'RNA è particolarmente facile da degradare, l'introduzione di componenti nel sistema di trascrizione inversa può essere ridotta al minimo, il che può impedire efficacemente l'ingresso di RNasi e garantire il regolare avanzamento della trascrizione inversa.

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Vantaggi della trascrizione inversa di lncRNA:

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Il sistema di trascrizione inversa ha un'elevata stabilità termica e ha ancora buone prestazioni di trascrizione inversa a 50°C.

I modelli con un elevato contenuto di GC e una struttura secondaria complessa possono essere invertiti con elevata efficienza.

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