Quanto ne sai

A proposito di nestrazione dell'acido ucleico

L'inizio e la fine dell'acido nucleico purificato

Tutto è difficile all'inizio, l'acido nucleico purificato è il massimo

Avvio di esperimenti molecolari, per esperimenti successivi

Il successo o il fallimento ha un impatto cruciale.

Lo spettrofotometro UV in traccia/ultra traccia è preferito da molti ricercatori scientifici perché può rilevare la concentrazione di acido nucleico e i residui di ioni proteici e salini in modo semplice, rapido ed economico.

Come tutti sappiamo, A260 significa valore OD di assorbanza dell'acido nucleico, A280 significa valore OD di assorbanza della concentrazione proteica, A230 significa valore OD di assorbanza della concentrazione di ioni salini, quindi A260 può convertire la concentrazione di acido nucleico, A260/280 significa residuo proteico, A260/230 significa residuo di ioni salini, ma questa è solo una regola scoperta dai ricercatori sulla base di un gran numero di risultati di misurazione, ed è "convenzionale” credere che possa spiegare la purezza del DNA e dell'RNA auna certa misura.Non è l'unico standard per l'identificazione della resa e della purezza dell'acido nucleico, è usato solo come riferimento e non è un "gold standard".

Il manuale Thermo Fisher ND-2000 sottolinea l'affidabilità dei risultati del test

Il motivo è che i risultati ottenuti utilizzando uno spettrofotometro UV micro/ultramicro riflettono solo la resa e la purezza dell'acido nucleico dal lato, e ci sono molti fattori di influenza (percorso ottico, volume del campione, concentrazione del campione, valore del pH, altri ioni che influenzano la misurazione dell'assorbanza, ecc.), il valore OD misurato non è necessariamente accurato.Allo stesso tempo, a causa della mancanza di specificità del materiale per la determinazione del valore di assorbanza, il DNA a singolo filamento, il DNA a doppio filamento, l'RNA, i dNTP e alcune proteine ​​hanno tutti picchi di assorbimento a una lunghezza d'onda di 260 nm e la concentrazione determinata dal solo A260 non è necessariamente il vero DNA o RNA.La concentrazione, la sua integrità e il suo degrado non possono essere giudicati.

Allora come giudicare la qualità del nostro acido nucleico purificato?Oltre a utilizzare uno spettrofotometro UV micro/ultramicro per il rilevamento, sono necessari anche metodi come l'elettroforesi su gel di agarosio per visualizzare visivamente la purezza e l'integrità dell'acido nucleico e per indicare la concentrazione in una certa misura.In questo modo, la resa e la purezza dell'acido nucleico ottenute dai risultati di rilevamento di vari metodi sono credibili.

Confronto grafico sperimentale

Il DNA genomico delle cellule H1299 è stato estratto utilizzando i kit di estrazione del DNA dell'azienda A ed è stata osservata una significativa contaminazione da impurità, con conseguenti valori OD elevati

(Valore di misurazione OD e corrispondente elettroferogramma)

Indice di valutazione

Esiste un "gold standard" per la resa in acido nucleico e per i test di qualità?

Per quanto ne sappiamo, non esiste un metodo semplice, veloce ed economico.Che si tratti di spettrofotometro, elettroforesi su gel o spettrometria di massa, riflettono tutti la concentrazione e la purezza dell'acido nucleico nella soluzione da diversi aspetti e devono essere giudicati facendo riferimento l'uno all'altro.

Il miglior indice di valutazione è semprel'applicazione sperimentale di follow-up.Non influisce sull'efficienza della trascrizione inversa e dell'amplificazione PCR.L'ottenimento di prodotti di amplificazione e valori Ct affidabili e l'ottenimento di una sequenza completa mediante sequenziamento è un'estrazione di acido nucleico riuscita.

Per riassumere, la visione della teoria del solo rapporto dovrebbe essere messa in discussione dall'idea di "usare buoni risultati sperimentali a valle come buoni parametri di estrazione"!

Kit di estrazione dell'RNA del DNA di Foregene consigliati per ottenere un'elevata purezza del DNA/RNA:

https://www.foreivd.com/reagent/dna-isolation-series/

https://www.foreivd.com/reagent/rna-isolation-series/